Oft betrachten wir die Stubenfliege als Schädling. Und tatsächlich gibt es Lebensbereiche, in welchen eine Bekämpfung ein adäquates Mittel sein kann, etwa aus hygienischen Gründen oder um der Übertragung von Krankheiten vorzubeugen. Wir sollten aber nicht vergessen, dass Fliegen auch vielseitige Nutzen stiften:
Zunächst einmal sind sie ein wichtiges Glied innerhalb der Nahrungskette. Sie dienen als Futter für Reptilien (z.B. Eidechsen), Amphibien (z.B. Frösche), Vögel (z.B. Schwalben), Fische, Spinnen, Libellen, Wespen, Gottesanbeterinnen und Kleinsäuger (z.B. Spitzmäuse).
Die Larven der Fliege tragen zur Zersetzung von organischem Material bei, zum Beispiel von faulenden Substanzen und Ausscheidungen, und damit zur Produktion von fruchtbarem Boden (Humusbildung). Indem sie Kot und Kompost beseitigen, fungieren Fliegen gleichzeitig auch als „Gesundheitspolizei“.
Stubenfliegen werden millionenfach gezüchtet und zu Fliegenlarvenmehl verarbeitet, unter anderen wegen der einfachen Zucht und schnellen Entwicklung. Dadurch kann ein Grossteil der weltweiten Fischmehlproduktion eingespart werden, was die Meere vom industriellen Fischfang entlastet – ein indirekter ökologischer Nutzen.
Auch die Forschung gelangt durch die Stubenfliege regelmässig zu wertvollen Erkenntnissen, etwa innerhalb der Genetik, bei der Entwicklung innovativer (schonender) Methoden für die Insektenbekämpfung, in der Resistenzforschung oder in der Erforschung der Krankheitsübertragung.
Gewisse Fliegen, vor allem aus der Familie der Schmeissfliegen, werden innerhalb der Biochirurgie zur Behandlung von schwer heilenden Wunden (Madentherapie) eingesetzt: Mit den Larven werden nekrotische Gewebe schneller abgebaut, als mit anderen Methoden.
Ein weiterer Nutzen von Insekten, an dem die Stubenfliege jedoch nur am Rande eine Rolle spielt, findet sich in den Kriminalwissenschaften: Die Forensische Entomologie erforscht die Besiedlung von Leichen durch Insekten und gewinnt so wichtige Hinweise, beispielsweise zum Todeszeitpunkt oder zum Ort des Ablebens.